Важным вкладом в учение о происхождении заразных болезней человека является теория природной очаговости трансмиссивных болезней человека, разработанная Е.Н. Павловским, которая в дальнейшем была применена и к нетрансмиссивным болезням и дополнена теорией паразитоценозов. По определению Е.Н. Павловского, природная очаговость трансмиссивных болезней - это явление, когда возбудитель, специфический его переносчик и животные (резервуары возбудителя) в течение смены своих поколений неограничен по долгое время существуют в природных условиях в составе различных биоценозов независимо от человека, как в ходе своей уже прошедшей эволюции, так и в настоящий ее период. Возбудитель, переносчик и животные доноры - реципиенты являются членами биоценоза определенных биотопов известного географического ландшафта страны. Эти биоценотические связи имеют преимущественно пищевой характер. Причиной заболеваний человека, их движущей силой являются социальные факторы, подводящие человека под влияние факторов биотического характера. В одних случаях переносчики переселяются в стации, созданные хозяйственной деятельностью человека, в других - грызуны становятся домовыми обитателями. Организм человека или домашних животных может стать биотопом для попавшего в него паразита и тогда возникают антропургические очаги. Учение о природной очаговости явилось основанием для изучения и выработки мер профилактики многих зоонозов, распространенных на территории нашей страны и за ее пределами.
Вопросам эволюции вирусных инфекций посвящен ряд работ Burnet. Сильной стороной его анализа является экологический подход. Причем во главу угла автор справедливости ставит эволюцию возбудителя инфекции как биологического вида. С возникновением и становлением человека возникло человеческое общество, которое начало развиваться по своим законам, отличным от законов развития животного мира. В связи с этим дальнейшая эволюция паразитов, вызывающих болезни человека, обусловливалась уже не только биологическими явлениями, но и ходом развития человеческого общества. Более того, условия развития человеческого общества стали основным фактором, определяющим эволюцию паразитов - возбудителей заразных болезней человека, а в дальнейшем не только человека, но и многих животных, на которых человек воздействовал своей активной, преобразующей деятельностью.
Эта мысль вряд ли может вызвать возражения, однако в такой общей форме она еще не объясняет причин и движущих сил, приведших к образованию ныне существующих заразных болезней человека. Среди разнообразных влияний среды на паразита (имеется ввиду как организм хозяина, так и окружающая среда в широком смысле слова) наибольшее значение имеют те, которые сказываются на сохранении паразита как биологического вида. В случае заразных болезней животных сохранение вида обеспечивается эпизоотическим процессом, а при болезнях людей - эпидемическим процессом.
Эпизоотическим (эпидемическим) процессом принято называть цепь связанных между собой заражений, чередующихся с выходом возбудителя во внешнюю среду. Как будет показано далее, этот процесс является понятием экологическим.
В ходе своей эволюции возбудители заразных болезней приспособились к различным способам перехода из зараженного организма в здоровый, т. е. к заселению развивающейся популяции своих хозяев, использовав в одних случаях экологические связи, существующие между особями одного и того же вида, в других случаях - межвидовые экологические связи.
Многообразие существующих экологических связей между особями как одного, так и разных видов и объясняет многообразие способов перехода возбудителей из зараженного организма в здоровый или, пользуясь терминологией Громашевского, механизмов передачи заразного начала. При всем, однако, разнообразии они поддаются классификации, и существующие классификации болезней, основанные на эпидемиологическом принципе, преследуют именно эту цель.
Эти классификации общеизвестны, поэтому нет надобности приводить их. Подразделение всех болезней на 4 группы осуществляется соответственно основным механизмам передачи (инфекции кишечные, кровяные, дыхательных путей и наружных покровов) ныне считается общепризнанным. Для учебных целей достаточно дальнейшее подразделение инфекционных болезней на антропонозы и зоонозы, сделанное И.И. Елкиным. Для более углубленного исследования такое подразделение недостаточно, и мы сделали попытку разработать более детальную систематику заразных болезней человека.
Благодаря той или иной степени экологической пластичности, выработанной в эволюции специализации паразиты часто обладают несколькими средами обитания (одна - две основные и ряд резервных). В соответствии с этим, помимо основного пути передачи, могут существовать и другие. Одни среды обитания и путем передачи паразиты используют во время эпизоотической (эпидемической) вспышки, другие - во время межэпизоотического (межэпидемического) периода. При этом происходят существенные изменения в составе популяций паразита, приуроченных к разным вариантам внешней среды. В далеко зашедших случаях дело доходит до образования различных экологических вариантов.