Планирование «от исходных соединений»

Такое планирование оправдано в тех случаях, когда потенциальное исходное соединение является «бросовым» товаром (например, является отходом того или иного производства и желательна его рациональная утилизация, либо когда в целевой молекуле легко распознать структурные фрагменты, отвечающие доступным соединениям. Наиболее выразительным примером второй ситуации может служить синтез биополимеров (белков, полисахаридов, нуклеиновых кислот). Все они построены из небольших мономерных блоков, соединенных через гетероатомы. Такими мономерами для полипептидов и белков являются аминокислоты, для полисахаридов - моносахариды, а для нуклеиновых кислот - нуклеотиды. В биополимерах эти мономеры соединены амидной, О-гликозидной и фосфодиэфирной связями соответственно. Такие связи легко расщепляются при химическом или ферментативном гидролизе. Обратное превращение - сборка межмономерных связей - представляет собой обычную трансформацию функциональных групп исходя из легко доступных мономеров. Таким образом, ретросинтетический анализ целевого биополимера сводится просто к выяснению вопроса о том, какие именно мономерные единицы необходимо соединить. Подобное почти автоматическое нахождение исходных соединений никоим образом не ведет к столь же «автоматической» стратегии и тактике сборки целевой молекулы.