Гален правильно описал венечные сосуды сердца и артериальный боталлов проток.
Перегородку сердца Гален считал проницаемой для крови, которая могла через нее просачиваться из левого сердца в правое.
Этот взгляд был незыблемым вплоть до эпохи Везалия, который, так же как и его предшественники, не мог обнаружить этих отверстий в перегородке между мышечными криптами, но и не отвергал их существования. Только описание малого легочного круга кровообращения Михаилом Серветом в XVI столетии и полное, исчерпывающее точное описание движения крови и сердца, сделанное Вильямом Гарвеем в XVII столетии, окончательно изжило эту никогда никем не обнаруженную проницаемость глухой перегородки сердца. Так упорны были в своем длительном хождении неподтвержденные жизнью и опытом гипотезы, высказанные непререкаемыми авторитетами науки.
Сердце, по мнению Галена, является органом, дающим начало всем артериям организма, как печень дает начало всем венам. Система артерий, по мнению Галена, разносит по организму воздух, который «корни артерий» получают из легких через артериальную вену, именуемую в настоящее время легочной артерией. Он писал, что воздух при ее посредстве идет в левое предсердие, потом переходит в левый желудочек и, наконец, в аорту. По мнению Галена, «Когда легкое расширяется, кровь течет и заполняет все вены легкого; когда оно сокращается, происходит как бы отлив крови, отчего возможно постоянное движение крови в венах туда и обратно». Это сложное и запутанное представление только в XVII столетии получило правильное разрешение в гениальных работах Гарвея о кровообращении. Гален внимательно изучил и описал стенки артерий как структуры, более утолщенные в сравнении со стенками вен, которые снабжены, по его мнению, единственной собственной оболочкой.
Гален в сочинении «De facultatibus naturalibus» экспериментально доказал ошибку Эразистрата, утверждавшего, что артерии несут воздух, а кровь проникает в них после рассечения их стенки. Гален перевязывал с обеих сторон длинный отрезок артерии и, рассекая ее, показал, что из нее идет не воздух, а кровь.
Гален описал вены, утверждая, что -они получают питательные вещества из кишечника и затем снабжают ими печень. Вены проникают в печень через ворота - «porta», представленные в печени в виде поперечно идущей щели. Гален считал, что существует связь, по современной терминологии, «анастомозы», между системой вен и артерий. Он описал вены мозга, которые и в современной анатомии сохранили его имя.
Наиболее слабо описан у Галена раздел спланхнологии. Кишечная трубка, хотя и описана у него построенной из нескольких слоев, но все же неточно, пак будто он описывает нечто среднее по развитию между длиннейшим кишечником травоядных и более укороченным у плотоядных животных.
Гален экспериментально доказал, что, когда в желудке животного «сваренье окончено, нижнее отверстие желудка открывается и пища легко спускается туда (в кишечник), даже в сопровождении большого количества камешков, ядрышек или других предметов, неспособных обратиться в хилус. Это мы можем видеть на животном, рассчитав момент перехода пищи вниз .» При пищеварении выход из желудка надежно закрыт, а « .желудок плотно охватывает пищу подобно тому, как матка обхватывает плод, ибо нет возможности найти пустое место ни в матке, ни в желудке .»
«Когда сварение приходило к концу, привратник открывался и желудок, подобно кишкам, обнаруживал перистальтические движения».
По Галену, из желудка и кишечника пищевая кашица передвигается изгоняющей силой, которую он правильно именовал перистальтическим движением; термин «peristaltike kinesis» принадлежит Галену.
Гален пристально изучал процесс пищеварения и говорил, что оно зависит от силы желудка. Желудок притягивает, удерживает и изменяет пищевые вещества.
Печень Гален считал органом кроветворения й описывал в ней четыре доли, что характерно для строения печени животных. Желчный пузырь человека, по Галену, имеет два протока: пузырный и желчный, и оба они, по его мнению, впадают в двенадцатиперстную кишку.
Желчь Гален считает продуктом очищения крови; желтая желчь - это едкая жидкость, которая, попадая в излишнем количестве в желудок, может разрушать его стенки и поэтому извергается рвотой, а присутствуя в нормальном количестве, обеспечивает выведение слизи из пищеварительного тракта.
Селезенку Гален считал вспомогательным органом, участвующим в переработке нечистой крови. Негодные для организма излишки в виде черной желчи выделяются при участии селезенки и поступают в пищеварительный тракт, помогая своими вяжущими свойствами сокращению его и пищеварению.