Первым этапом обработки полученных от хроматографа данных является фильтрация (или сглаживание) шумов. Основным препятствием в этом процессе является тот факт, что на хроматограммах всегда имеются два вида шумов: электронный шум, возникающий в результате работы АЦП детектора, и химический шум, являющийся результатом детектирования большого количества случайных примесей, неизбежно имеющихся в любой пробе.
Были реализованы несколько алгоритмов, позволяющих бороться с шумами обоих типов: