Разбиение хроматограммы на отдельные пики может проводиться как в автоматическом режиме с использованием специальных алгоритмов, так и вручную. При выборе автоматической разметки есть возможность задать набор параметров, описывающих минимальный отмечаемый пик (высоту, ширину и площадь), а также начало и конец обрабатываемой области, канал для разметки и тип используемой базовой линии. Начало и конец пика определяются исходя из соотношения значения производной и уровня шума.
В ручном режиме разбиения пользователь может самостоятельно отметить интересующие его пики, изменить тип базовой линии или внести поправки в результат автоматического разбиения.