Несмотря на то, что все микроорганизмы, имеющие медицинское значение, паразитируют в организме человека, изучением патогенных простейших занимается отдельная наука - медицинская паразитология. Изучением микрофлоры окружающей среды и ее влияние на здоровье человека и состояние среды его обитания - санитарная микробиология.
Изучение микрофлоры и микробиологических процессов в среде обитания человека необходимо для гигиенической оценки его взаимоотношений с окружающей средой. Разрабатываются методы контроля за состоянием воды, почвы, воздуха, пищевых продуктов, разработка методов микробиологических нормативов и мероприятий по оздоровлению объектов окружающей среды.