Основы психоналитического подхода к мигрени были заложены Зигмундом Фрейдом, большую часть жизни сам страдавший мигренями. Богатый личный опыт послужил основой для создания психоаналитической теории боли. Один из начальных этапов в развитии психоаналитической концепции боли - нейрофизиологический. Суть нейрофизиологической модели, как ее формулировал Фрейд: боль порождает неограниченный приток внешней и внутренней энергии в нейронную систему, которая, в свою очередь, пытается защититься от нее; боль означает, что нейронной системе не удалось защитить психическую от проникновения извне огромных количеств энергии.
Фрейд отвергал наследственную теорию, по-видимому, по личным причинам, полагая, что все связанное с наследственностью сулит плохой прогноз. Отвергая генетическую обусловленность мигрени, он мог надеяться на долгую и счастливую жизнь. Фрейд считал мигрень полиэтиологическим заболеванием, при котором чувствительность к патогенетическим и триггерным факторам определяется уровнем стимуляции.
Мигрень, связанную с сексуальными проблемами (пол, менструальная мигрень, беременность), Фрейд рассматривал как результат токсического воздействия некоей стимулирующей сексуальной субстанции, не находящей выхода. Он полагал, что аналогичное действие могут оказывать и другие химические субстанции, провоцирующие приступы мигрени раздражением твердых мозговых оболочек.
Фрейд считал ядро троичного нерва (иннервация dura mater) "центром" мигрени и не исключал, что в сферу рефлекторного влияния dura mater может входить и спастическая иннервация гладких мышц сосудистой стенки. Таким образом, Фрейд предугадал важность сосудистого и нейрогенного механизмов в патогенезе мигрени, что позднее было подтверждено экспериментально и включено в ныне признанную гипотезу Московиц: нервные импульсы из патологически расширенных менингеальных артерий раздражают сосудистые ветви троичного нерва.
На втором этапе развития теории Фрейд характеризовал боль как "актуальный невроз" токсического генеза (текущие конфликты порождают разнообразную соматическую симптоматику). Фрейд выдвинул гипотезу о том, что вызванная сексуальными токсинами головная боль может трансформироваться в истерическую и стать соматическим проявлением возбуждения либидо.
При изучении истерических реакций у страдающих эдиповым комплексом боль рассматривается как доминирующий конверсионный симптом и символизирует существование какого-то конфликта в подсознании. Истерическая головная боль, в частности, базируется на фантазийных аналогиях, когда верхние и нижние части тела выступают как эквиваленты: волосистая часть головы - волосы лобка, щеки - ягодицы, губы - большие срамные губы, рот - вагина, при этом атака мигрени может символизировать насильственную дефлорацию или ситуацию исполнения желаемого. Фрейд рассматривал боль как компас в процессе психоанализа и пришел к заключению, что «первичное обнаружение» скрытых в подсознании конфликтов провоцировало боль, а аналитическое «лечение» этих конфликтов ее устраняло.
Суть третьей метапсихологической фазы изложена в приложении к работе "Inhibitions, Symptoms and Anxiety", где боль рассматривается как ключ в осознании своего тела. Боль помогает получить пространственные представления о частях своего тела (репрезентативное знание). В метафизическом плане скорбь и переживание потерь приобретают особое значение в понимании боли. Физическая боль порождает сильный нарциссический катексис «болящей части тела», что является причиной концентрации энергии в психической репрезентации этой части тела.
Постфрейдовские психоаналитические исследования породили несколько новых концепций головной боли. Вплоть до 50-х годов оставалась популярной концепция конверсии эдиповых комплексов. С 60-х годов в понимании природы мигрени ключевые позиции последовательно отводились: динамическим аспектам в теории инстинктов, роли депрессии, механизмам конверсии, личностным качествам и нарциссическим механизмам. Ассоциированная с депрессией или возбуждением мигрень была выделена в свое время в отдельный синдром.